Unter einer Protozoeninfektion, auch Protozoonose genannt, versteht man das aktive oder passive Eindringen von Protozoen (tierischen Einzellern) in einen Organismus, deren dortige Vermehrung und die darauf folgende Reaktion des Organismus in Form einer Erkrankung. Wenn mindestens eines der drei Merkmale fehlt, spricht man von einer Infestation.
